Als ältestes Desinfektionsverfahren ist das Abkochen über einen ausreichenden Zeitraum bekannt. Beim Nachweis von Escherichia coli oder von Enterokokken im Trinkwasser wie auch in Krisenfällen (Jaucheeinbruch) wird heute noch vielfach als erste Sofortmaßnahme eine Abkochanordnung erlassen.

Bei der thermischen Desinfektion wird das gesamte System der Installation (Rohrleitungen, Armaturen und Geräte) auf Temperaturen über 70°C erwärmt. Dabei muss das Wasser von mindestens 70°C an jeder Entnahmestelle bei geöffnetem Auslass mindestens drei Minuten fließen. Aufgrund des nicht vermeidbaren Leitungsverlustes muss die Vorlauftemperatur an der Trinkwassererwärmungsanlage deutlich über der Temperatur des Zapfhahnes liegen. Systeme mit zirkulierendem Wasserkreislauf sind bei geschlossenen Armaturen auf 70°C aufzuheizen. Dabei muss ein Dauerlauf der Zirkulationspumpen gewährleistet sein. Wenn die gewünschte Temperatur im Zirkulationssystem erreicht ist, sind die Entnahmearmaturen nacheinander zu öffnen und bei fließendem Strahl drei Minuten zu desinfizieren.

Die thermische Desinfektion führt zu einer starken Beanspruchung der eingesetzten Werkstoffe und Dichtungsmaterialien. Damit verbunden kann auch eine örtliche Zerstörung der korrosionsschützenden Deckschichten im Leitungssystem sein. Durch diese können nachfolgende örtliche Korrosionen nicht ausgeschlossen werden.